Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» (WWF) - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
Основной задачей научного отдела является изучение естественного хода процессов в природных комплексах Алтайского заповедника. Одним из главных результатов деятельности сотрудников отдела является ежегодник «Летопись природы», содержащий полный свод наблюдений за всеми процессами в природе; ведется в Алтайском заповеднике с 1940 года. В настоящее время в научном отделе работают 6 научных сотрудников (1 ведущий, 3 старших, 1 научный сотрудник, 1 лаборант-исследователь). Научным отделом ведутся исследования по различным направлениям, в том числе совместно с научно-исследовательскими институтами. Поле для проведения научных исследований необозримо, поскольку, из обитающих здесь видов растений более 250 относятся к алтае-саянским эндемикам, 120 — реликтовые виды. Из 136 видов растений, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, 49 отмечены в Алтайском заповеднике, 32 из них (в том числе 9 видов лишайников) — занесены в Красную книгу России. В заповеднике обитает 16 видов рыб, 337 видов птиц, 50 из которых занесены в Красную книгу Республики Алтай, 32 — в Красную книгу России. Из 73-х видов млекопитающих 11 занесены в Красную книгу Республики Алтай, 3 в Красную книгу России (снежный барс ирбис, горный баран аргали, северный олень (лесной подвид)), 3 - в международный красный список МСОП (снежный барс ирбис, алтайский горный баран аргали, кабарга). Полный список представителей флоры и фауны Алтайского заповедника. В данном разделе можно ознакомиться с основными новостями научного отдела, научными отчётами, публикациями сотрудников Алтайского заповедника и электронными вариантами Летописи природы. А также с презентациями научного отдела.
На сегодняшний день в Алтайском заповеднике научным отделом ведутся работы по изучению кабарги, снежного барса, аргали, пресмыкающихся, мониторингу биоразнообразия на особо охраняемых природных территориях.
В заповедник, для проведения своих исследований, наблюдений, приезжают ученые и специалисты из других учреждений страны, студенты – будущие биологи, на практику. С этими учреждениями Алтайским заповедником заключаются договоры о научном содружестве. Так, за последнее время договоры были заключены с Сибирским Федеральным Университетом, Институтом леса СО РАН, г. Красноярска, с Ботаническим садом В.Л. Комарова, г. Санкт-Петербурга, с Удмурдским государственным университетом, с Институтом биологии моря им. А.В. Жмуринского Дальневосточного отделения РАН г. Владивостока, с Эколого-биологический центром «Крестовый остров» г. Санкт-Петербурга и др