Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» (WWF) - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
Основной задачей научного отдела является изучение естественного хода процессов в природных комплексах Алтайского заповедника. Одним из главных результатов деятельности сотрудников отдела является ежегодник «Летопись природы», содержащий полный свод наблюдений за всеми процессами в природе; ведется в Алтайском заповеднике с 1940 года.