С 2009 года Алтайский заповедник включён во Всемирную сеть биосферных резерватов ЮНЕСКО. Это значит, что в зону его внимания входит не только сохранение природы, но и поддержание гармоничного взаимодействия жителей горных долин Алтая с природой.

Биосферные резерваты создаются в рамках программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» для сбалансированного взаимодействия природы и человека. В таких заповедниках помимо зоны со строгим режимом охраны появляются:

Буферная зона — здесь ведётся ограниченная хозяйственная деятельность, которая серьёзно не влияет на природу.

Зона сотрудничества — здесь нет режима охраны. В неё могут входить ближайшие к заповеднику населённые пункты. Она создаётся, чтобы привлекать местное население к сохранению природы — например, проводить экскурсии, устраивать образовательные лекции и другие мероприятия.