Воздушные массы, проходя над регионом, взаимодействуют с горным рельефом. При этом низкая облачность обычно концентрируется вдоль высоких хребтов, а потоки воздуха устремляются по глубоким долинам рек, часто меняя направление. Высокогорные массивы препятствуют движению влагонасыщенных масс воздуха и перехватывают большую часть осадков. Над широкими долинами внутри горных систем, нагретыми солнцем, облачность часто поднимается вверх и рассеивается.
Климатические условия в заповеднике зависят от сезона. Осенью и зимой на погоду влияет Азиатский антициклон. Весной и летом — циклоническая активность западного переноса.
Южные районы заповедника подвержены влиянию климата Монголии с его аридными — то есть сухими, пустынными — условиями.