У Алтайского заповедника есть многолетняя база наблюдений — за живой и неживой природой, климатом, антропогенными факторами. Особое внимание уделяют редким и исчезающим видам растений и животных и инвазивным видам. Эти материалы уникальны своей масштабностью и долговременностью — они очень ценны для исследований длительных изменений, происходящих в природе.
Природные объекты заповедника изучаются комплексно. Такой подход позволяет оценивать и прогнозировать экологическую обстановку, разрабатывать научные основы охраны природы и сохранять биологическое разнообразие.