Чтобы сотрудникам было удобно контролировать территорию заповедника, её поделили на 4 участка:
- Яйлинский (самый посещаемый);
- Белинский (самый большой);
- Чодринский (самый труднодоступный);
- Язулинский (самый отдалённый).
Обход территории заповедника проходит по специальным маршрутам. Все наблюдения сотрудники записывают в специальный дневник, а при нарушениях — составляют протоколы, которые потом передают в правоохранительные органы.
Также госинспекторы наблюдают за состоянием природы, сопровождают научных сотрудников во время полевых работ и эколого-просветительских мероприятий в случае необходимости.