Особое внимание уделяется чужеродным видам флоры и фауны на территории ядра заповедника. Сотрудники научного отдела — соавторы Красной книги Республики Алтай.
В Алтайском заповеднике с 20-х гг. ХХ века действует метеостанция, позже преобразованная в станцию фонового мониторинга (СФМ) в селе Яйлю. На нескольких озёрных кордонах есть стационарные метео- и гидропосты. Алтайский заповедник тесно взаимодействует с метеослужбой.
Здесь ведутся и собственные климатические наблюдения. Автоматические метеостанции работают на кордонах Чири и Язула. Их данные обрабатываются и попадают в итоговый научный документ заповедника —
Летопись природы.