В 1970—1979 гг. работал лаборантом и старшим научным сотрудником.
Родился в 1947 г. в селе Верх-Катунск Бийского района Алтайского края в семье школьных учителей. В 1965—1971 гг. учился на биолого-почвенном факультете Томского университета им. В. В. Куйбышева на кафедре зоологии позвоночных. В 1970—1979 гг. работал лаборантом и старшим научным сотрудником в Алтайском государственном заповеднике. В 1980 г. перевёлся в Саяно-Шушенский заповедник на должность заместителя директора по научной работе.
Сфера интересов Валерия Андреевича — фауна и экология птиц Алтае-Саянской горной страны, редкие виды птиц, заповедное дело, экологический мониторинг зон ГЭС. В 1984 г. по материалам, собранным на Алтае, В. А. Стахеев, уже работая в Саяно-Шушенском заповеднике, защитил кандидатскую диссертациию «Фауна и экология птиц Алтайского заповедника». Работа в заповедниках определила область научной и организационной деятельности В. А. Стахеева в охране природы: заповедное дело, проектирование ООПТ, организация научных исследований.