Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
В рамках поддержки Специальной военной операции по демилитаризации и денацификации на Украине, на собранные коллективом Алтайского заповедника средства в виде добровольных взносов было приобретено оборудование для участников спецоперации.
21.02.2023 г. оно было передано командиру СОБР «АК-Ирбис» Управления Росгвардии по Республике Алтай.